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Contents

Primer Express Software Version 3.0 Getting Started Guide v

Preface vii

Chapter 1 Before You Begin 1

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

Installing the Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4

Basics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Chapter 2 Designing Primers and Probes for Quantification Assays 7

Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

Automatically Designing Primers and Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Manually Designing Primers and Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Automatically Designing Primers for SYBR

Green Dye Assays . . . . . . . . . . . . . . . 19

Manually Designing Primers for SYBR

Green Dye Assays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

Chapter 3 Designing Primers and Probes for Allelic Discrimination

Assays 27

Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28

Automatically Designing Primers and Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29

Manually Designing Primers and Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34

Chapter 4 Ordering Primers and Probes 39

Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

Ordering Primers and Probes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

Index 43

1 2 3 4 5 6 7 8 9 ... 51 52

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